Powstawanie kondensatu w rurach w wyniku ochłodzenia zassanego powietrza jest zjawiskiem występującym przede wszystkim w okresie letnim, z różną częstotliwością uzależnioną od położenia w Polsce. Aby zapewnić trwałą sprawność systemu GPWC i wyeliminować uciążliwe zapachy, konieczne jest obliczenie ilości tworzącego się kondensatu i zapewnienie jego stałego odprowadzenia.

Studnia zbierająca kondensat w budynkach niepodpiwniczonych
W przypadku obiektów niepodpiwniczonych kondensat musi być odprowadzany poprzez studnię z pompą. Studnia umieszczona jest na płaskim podłożu. Aby nie przefiltrowane powietrze nie przedostawało się do systemu rur, studnia zamknięta jest za pomocą hermetycznej pokrywy żeliwnej. Kondensat z rury GPWC dociera przez trójnik do studzienki zbierającej kondensat. Ze względu na bezpieczeństwo funkcjonowania kondensat wypompowywany jest za pomocą dostępnej w handlu pompy zanurzeniowej z pływakiem umieszczonym wewnątrz.

Odpływ kondensatu w budynkach podpiwniczonych
W przypadku budynków podpiwniczonych kondensat może być odprowadzany poprzez odpływ do kanalizacji wewnętrznej. Proces ten odbywa się poprzez odpływ kondensatu, który wbudowany jest w najniższym punkcie przewodu rurowego GPWC. W celu zapobiegania rozprzestrzenianiu się niemiłych zapachów między odpływem kondensatu a kanalizacją wewnętrzną zamontowany jest syfon kulowy.